I Hårsfjärden jagade marinen ubåtar i början av 1980-talet. I Karlskrona gick U137 på grund så det syntes över hela världen. Längs hela den svenska kusten observerades ubåtar. Ubåtskränkningarna var den överskuggande säkerhetspolitiska frågan för Sverige. Tillsammans med en grupp amiraler var Carl Bildt tongivande i att peka ut Sovjet-unionen som ett hot mot Sverige. Och de lyckades. Regering, riksdag, den allmänna opinionen alla anklagade Sovjetunionen. Flera statliga utredningar försökte bringa klarhet i frågan. Men försvarsmakten hade satt kvalificerad hemligstämpel på känsliga dokument. Inte ens regeringens egen utredare fick ta del av dem. I Mörka vatten ger ambassadör Mathias Mossberg sin bild av vad som hände. Han berättar det som inte kunde skrivas i utredningarna och avslöjar vem som verkligen kränkte Sveriges gränser. Ambassadör Mathias Mossberg var huvudsekreterare i 2001 års ubåtsutredning Per-spektiv på ubåtsfrågan och i 2002 års Säkerhetspolitiska utredning. Han arbetade i flera år som diplomat i Sovjetunionen och som en av UD:s specialister på Sovjet. Mossberg har också varit chef för UD:s analysgrupp och arbetade bland annat tillsammans med dåvarande utrikesministern Sten Andersson i fredsprocessen i Mellanöstern och senare som medlare i konflikten i Nagorno Karabach.